O Rio Pindaré possui uma extensão total de 680 Km, faz parte da Bacia do Mearim, sua carga principal são:Passageiros, Arroz, Babaçú, Farinha, etc. . Os portos principais do Rio Pindaré são:  Pindaré Mirim, Bambú, Cajarí e Monção. Seus períodos de estiagem são nos meses de Maio a Outubro.    

     Os rios que desembocam na baía de São Marcos (MA) são em parte navegáveis, graças, sobretudo, à excepcional amplitude da maré que se manifesta na região.

     Os baixos cursos dos rios Mearim e Pindaré são navegáveis e se interligam com os lagos de Viana e Cajari, dando acesso às cidades de Viana (MA) e Penalva (MA).

    O rio Mearim é navegável até Pedreiras (MA), para calado mínimo de 1,50m, numa extensão de 400km. O rio Pindaré é navegável numa extensão de 217km, até Santa Inês (MA), onde é cruzado pela BR-316. As profundidades disponíveis são de 2,50m, da foz até a cidade de Pindaré-Mirim (MA), e de 2m, desta até Santa Inês. A ponte rodoviária da BR-316 impede a navegação para montante.

     O rio Grajaú só é navegável no período de águas altas (janeiro a maio).

    A navegação nesses três rios é feita por embarcações regionais, que mantêm irregular comércio de produtos regionais para o mercado de São Luís (MA) e de cidades ribeirinhas.

    A navegação nos rios da baixada maranhense declinou acentuadamente após a construção da BR-163 e da estrada de ferro Carajás.