O Rio Mearim possui uma extensão total de 930 Km, sua extensão navegável é de: 645 Km e sua profundidade mínima é de 1,00 m . O Rio Mearim encontra-se na Bacia do Mearim, ele é usado para o transporte de: Arroz, milho, mandioca e pescado oriundo dos lagos e do próprio rio. Ao longo do rio encontramos os portos de: Vitória do Mearim, Ararí, Bacabal, Ipixuna, Pedreiras, Marianopolis e barra do Corda. O período de estiagem do Rio mearim se dá nos meses de: Maio a Outubro.

    Os rios que desembocam na baía de São Marcos (MA) são em parte navegáveis, graças, sobretudo, à excepcional amplitude da maré que se manifesta na região.

    Os baixos cursos dos rios Mearim e Pindaré são navegáveis e se interligam com os lagos de Viana e Cajari, dando acesso às cidades de Viana (MA) e Penalva (MA).

    O rio Mearim é navegável até Pedreiras (MA), para calado mínimo de 1,50m, numa extensão de 400km. O rio Pindaré é navegável numa extensão de 217km, até Santa Inês (MA), onde é cruzado pela BR-316. As profundidades disponíveis são de 2,50m, da foz até a cidade de Pindaré-Mirim (MA), e de 2m, desta até Santa Inês. A ponte rodoviária da BR-316 impede a navegação para montante.

    O rio Grajaú só é navegável no período de águas altas (janeiro a maio).

    A navegação nesses três rios é feita por embarcações regionais, que mantêm irregular comércio de produtos regionais para o mercado de São Luís (MA) e de cidades ribeirinhas.

    A navegação nos rios da baixada maranhense declinou acentuadamente após a construção da BR-163 e da estrada de ferro Carajás.